Dalam upaya peningkatan mutu pembelajaran dan layanan pendidikan, sejak tahun pelajaran 2008 - 2009, di SMA YPPK Tiga Raja Timika mulai melaksanakan rintisan Sekolah Kategori Mandiri.

Suatu kebanggaan bahwa diantara banyak sekolah di Papua yang lebih maju, SMA YPPK Tiga Raja yang notabene sekolah yang "baru belajar merangkak" diberi kepercayaan untuk melaksanakan program ini. Tentu saja setiap program mengandung konsekuensi tersendiri. Karenanya SMA YPPK Tiga Raja Timika, tidak sekedar berhenti pada kebanggaan saja, tetapi berupaya untuk melaksanakan program ini secara baik.

SKM di SMA YPPK di awali dengan penyusunan program dan analisis biaya, yang diajukan kepada team Block Grant Provinsi Papua, dan di tingkat sekolah sendiri dibentuk Panitia SKM yang diketuai oleh Kepala sekolah dan Waka Kurikulum, program SKM di sekolah disusun dalam sebuah panduan petunjuk teknis SKM, yang diseminarkan di awal Juli 2008, dengan melibatkan orang tua siswa, guru, staff, Dinas Pendidikan dan Pengajaran Kabupaten, LPMAK, dan beberapa sekolah lain antara lain SMA N2, SMA Al Falah.

Hasil dari seminar ini di lanjutkan dengan kegiatan workshop untuk menyusun perangkat pembelajaran guru yang terdiri atas: Silabus, KKM, RPP, Program Tahunan, Program Semester, dan Bahan Ajar, ( akan dilanjutkan dengan penyusunan Penilaian hasil belajar), Penyusunan Program Muatan Lokal, Pengembangan diri,dan bobot SKS.

Berkenaan dengan pelaksanaan ini, bagi para siswa diberikan KRS, Kartu Hadir, Buku Petunjuk Pelaksanaan Pendidikan, Wali siswa ( menggantikan wali kelas yang selama ini dianggap tidak efektif), petunjuk pelaksanaan Pendidikan, moving class, penyediaan akses internet, dan pembuatan web.

Tentu saja banyak hal yang perlu dibenahi, tetapi dipandang pelaksanaan selama kurang lebih satu semester ini telah berada pada track yang benar, dan perubahan tidak harus dalam bentuk perombakan total, tetapi revisi hal-hal yang dipandang belum optimal.